Gold Standard et Agronomic Taxon

Agronomic Taxon

Créé par Irstea. Cette ontologie est modulaire. Un premier module intulé Agronomic Taxon Core sert à stocker the taxon des nomenclatures scientifiques. Il est basé sur le vocabulaire skos, les Ontology Design Patterns linnean taxonomy, classification et des éléments de l'ontologie AOS de la FAO. Ce module a été enrichi en spécialisant les relations taxonomiques . Les rangs des taxons sont liés à leurs concepts agrovoc. Quelques axiomes entre rangs disjoints ont été ajoutés. La licence est CC BY 4.0.

Gold Standard

Construit manuellement par Catherine Roussey à partir du document https://fr.wikipedia.org/wiki/Taxonomiedublé. Chaque espèce de blé proposé dans le tableau des espèces de blé a été validé à l'aide de European Wheat data base http://genbank.vurv.cz/ewdb/. Le nom du taxon et son rang a été validé en regardant d'abord le référentiel taxref de l'INPN dans un premier temps. S'il n'existait pas dans taxref alors la taxonomie du NCBI a été étudié. Les liens vers les thesaurus agrovoc, NAL et CABI ont ensuite été ajoutés. Les liens vers la base de données ITIS ont été ajoutés. Les liens vers DBpedia ont été ajoutés. Attention : DBpedia propose deux espèces qui ont disparu : triticum zhukovsyi et triticum compactum erinaceum. Elles ne sont pas dans taxref. triticum zhukovsyi apparaît dans European Wheat data base. Les liens vers TAXREF-LD ont été ajoutés. La licence est CC BY 4.0.

Accès

• Le préfixe d'agronomic taxon est http://ontology.irstea.fr/agronomictaxon/core.
• Celui de gold standard est http://ontology.irstea.fr/agronomicTaxon/resource/goldStandard.

On peut effectuer des requêtes sur le triplestore depuis un navigateur web sur http://ontology.irstea.fr/agronomictaxon/snorql, ou directement à l'aide d'un client sparql sur http://ontology.irstea.fr/agronomictaxon/sparql.

Documentation

• https://sites.google.com/site/agriontology/home/irstea/agronomictaxon est un site web qui contient la premiere version d'Agronomic Taxon et une première ébauche d'état de l'art.
• Competency Questions contients les questions de compétences actuellements utilisées pour valider le module

Publications

• C. ROUSSEY, J.-P. CHANET, V. CELLIER, F. AMARGER. Agronomic Taxon. In Proceedings of the 2nd international Workshop on Open Data, WOD 2013, 3 juin 2013, BNF Paris.
• F. AMARGER, J.-P. CHANET, O. HAEMMERLE, N. HERNANDEZ, C. ROUSSEY. Construction d'une ontologie par transformation des systèmes d'organisation des connaissances et évaluation de la confiance . Revue Ingénierie des Systèmes d'Information, ISI, Édition Lavoisier, Numéro spécial "Systèmes d'information pour l'environnement: nouvelles avancées". Direction Thérèse Libourel, André Miralles, François Pinet. Vol 20, N°3, doi: 10.3166 / isi.20.3.37-61, p. 37-61, 2015.
• F. AMARGER "Vers un système intelligent de capitalisation de connaissances pour l'agriculture durable : construction d'ontologies agricoles par transformation de sources existantes", Thèse en informatique de l’Université Paul Sabatier de Toulouse soutenue le 18 décembre 2015.
• F. AMARGER, J.-P. CHANET, O HAEMMERLE, N. HERNANDEZ, C. ROUSSEY. SKOS Sources Transformations for Ontology Engineering: Agronomical taxonomy use case. In Proceedings of the 11th International Conference Metadata and Semantic Research, MTSR 2014, 27-29 novembre 2014, Karlsruhe, Allemagne. Editors: Sissi Closs, Rudi Studer, Emmanouel Garoufallou, Miguel-Angel Sicilia ISBN: 978-3-319-13673-8 (en ligne) 978-3-319-13674-5 (En ligne) Springer, Communications in Computer and Information Science book series (CCIS) Vol 478, 2014, p. 314-328.
• E. THIÉBLIN, F. AMARGER, N. HERNANDEZ, C. ROUSSEY, C. TROJAHN DOS SANTOS. Cross-Querying LOD Datasets Using Complex Alignments: An Application to Agronomic Taxa. In Proceedings of the 11th International Conference Metadata and Semantic Research, MTSR 2017, Tallinn, Estonia, November 28 – December 1, 2017, Communications in Computer and Information Science book series (CCIS), Springer, Vol 755, p. 25-37. DOI